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これは車で言うベンツとＢＭＷ、国産バイクのヤマハとホンダ、液晶テレビでいうブラヴィアとアクオス（ヴィエラはどうした？）みたいなもんでどちらが良いとか悪いとかの判断はできないのですが、ヴィンテージを除く新品の高級ギターで、どちらが高額品かという観点からだとマーチンになると思います。
それは使ってる木材の違いなんですね。
マーチンのホームページ
http://www.martinclubjp.com/index2.html
基本的にマーチンの高価格帯モデル２８、３５、４１、４５など）はスプルーストップのサイド・バックがローズウッドです。
対してギブソンのフラッグシップモデルと言ってよいＪ４５はスプルーストップのサイド・バックはマホガニーです。
http://www.gibson.com/jp%2Djp/Home/

ローズウッドとマホガニーを比較してみましょう。
マホガニー：比重0.55ぐらい、固さも中くらい。
特性としては倍音域が幅広く、中低音が豊かで暖かい音質を産み出す。（ＧＢから抜粋）
ローズウッド：比重は0.87ぐらい、固さも堅めといわれています。
特性としては高音域のきらびやかな音が特徴的で、張りのある音質だと思います。

わかりやすくアーティストの動画を貼ってみます
ギブソンは長渕剛さんも良いのですがプレイスタイルから
山崎まさよしさん

マーチンはよりギターの音がわかる
押尾コータローさん
ギターはマーチンじゃないかもしれません、グレーベンかなぁ？
でもローズウッドだと思われます。もしかしたらハカランダかもしれません（＾＾；）

ね、演奏はなんとなく似てるでしょ。でも音は全然違いますよね。
まあこれがギターだけの違いとはもちろん言えませんが、ピックアップやエフェクター、プリアンプも全然違いますからね。ただわかりやすいことはわかりやすいです。

さあ、この違いを言葉で表現してみましょう。